大家好,今天小六子来为大家解答以下的问题，关于mega做进化树置信度小怎么办，mega怎么做进化树这个很多人还不知道，现在让我们一起来看看吧！

1、这个问题还是很easy的MEGA 41.打开MEGA4软件2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL3.在弹出的窗口中选择create a new alignment4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW6.利用默认参数进行多序列比对7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法。

2、依据不同标准，需求选择10.调好参数，计算就可以了。

本文分享完毕，希望对你有所帮助。