根据《通知》规定，原企业投资主体存续的公司合并、与原企业投资主体相同的公司分立过程中涉及的房地产(国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物，下同)权属变更，暂不征收土地增值税;单位、个人在以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征收土地增值税;不改变原企业投资主体并承继原企业权利义务的企业整体改制，因变更公司组织形式及企业名称过程中，涉及的房地产权属变更，暂不征收土地增值税。

需要注意的是，企业会计准则关于资产初始计量的规定以及企业所得税法中有关计税基础的规定，均不适用于土地增值税。以上改制重组过程中的房地产权属变更暂不征土地增值税的规定，并非免税政策。根据《通知》第六条明确规定，企业改制重组后再转让国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，应以改制前取得该宗国有土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。

根据该规定，整体改制企业转让改制前取得的土地使用权，应以改制前取得土地使用权的成本扣除;合并方或分立企业以重组方式取得的土地使用权对外转让，应以合并、分立前企业取得的土地成本计算扣除;被投资企业转让接受投资的土地使用权，应以投资方取得土地使用权的成本扣除。

为加强税务管理，《通知》强调，企业在申请享受上述土地增值税优惠政策时，应向主管税务机关提交房地产转移双方营业执照、改制重组协议或等效文件，相关房地产权属和价值证明、转让方改制重组前取得土地使用权所支付地价款的凭据(复印件)等书面材料。

作为特例，对经省级以上(含省级)国土管理部门批准，国家以国有土地使用权作价出资入股的，再转让该宗国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，允许按照该宗土地作价入股时省级以上(含省级)国土管理部门批准的评估价格，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。办理纳税申报时，企业应提供该宗土地作价入股时省级以上(含省级)国土管理部门的批准文件和批准的评估价格，不能提供批准文件和批准的评估价格的，不得扣除。

企业将改制重组方式取得的旧房对外转让时，应依据土地增值税暂行条例及其实施细则、《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)、《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)等通知规定，按照房屋及建筑物的评估价格、企业改制重组前取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金，作为扣除项目金额计征土地增值税。

旧房及建筑物的评估价格，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价，乘以成新度折扣率后的价格确定。纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，可按改制重组前取得发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。其中，“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年，超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》第35条的规定，实行核定征收。

《通知》强调，享受优惠的企业整体改制须不改变原企业的投资主体，享受优惠的企业合并原投资主体必须存续，享受优惠的企业分立原企业投资主体必须相同。《通知》对“不改变原企业投资主体”、“投资主体相同”、“投资主体存续”做出了非常明确的解释，即“不改变原企业投资主体”、“投资主体相同”，是指企业整体改制、企业分立前后出资人不发生变动，出资人的出资比例可以发生变动;“投资主体存续”，是指被合并企业的出资人必须存在于合并后的企业，出资人的出资比例可以发生变动。